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1961年12月15日
由兩位聖母醫療傳教會愛爾蘭修女柯淑賢及蘇蘊芳創立，以產科醫療開始。
1963年
醫師裴惠蘭修女亦加入聖母產院(聖母醫院的前身)的行列。
1967年
30張病床設置完成
1975年
仁愛修女會開始接辦醫院， Agnes McPhee修女接任第二任院長並增設外科及小兒科。
　
1978年
開刀房開始 X光室及物理治療室陸續開始啟用
1981年
開始社區醫療及居家護理服務，採取擴大山地鄉社區醫療保健服務。

1983年
藉由白冷會幫助，醫院擴編X光室、檢驗室及門診，並擴編為70床住院病床，開始強調婦幼健康照護。
1986年
居家照護部門成立，更專業化地服務偏遠地區居民，包括山地鄉及離島地區。

1990年
何谷婷修女接任本院第三任院長，開始第二次建築擴建及內部整修。
1991年
政府補助本院物理治療
1992年
受榮總委託做台東地區AIDS及肝功能檢驗
1994年
整修醫院前廳、聖堂、開始擴建
1995年
擴大婦產科、小兒科服務、一般勞工體檢、汽機車駕駛人體檢 成為全民健保特約醫院

1996年
擴建完成登記100張病床

1997年
三樓大禮堂完成
1999年
本國籍鄭雲修女接任本院第四任院長本院服務項目、已 包括婦產科、內科、外科、小兒科、家醫科、物理治療、社區居家照護等。
2004年4月11日
本院安寧病房開幕，名為「恩典家園」
2007年5月26日
本院心靈療癒花園開幕
2008年5月
聖母健康會館(花蓮教區委託經營)開幕，供應民眾無毒、安全的全蔬食飲食，發展全方位健康促進

2008年6月
榮獲第18屆團體醫療奉獻獎。
2009年3月
糖尿病治療權威林瑞祥教授到本院服務，成立糖尿病中心。
2009年4月
喻永生醫師接任第五任院長。


2010年1月
聖母健康農莊(花蓮教區委託經營)開幕，種植無毒健康蔬果、推廣有機農業，營造優美園藝景觀。
2010年3月
聖母老人日間照顧中心開幕，提供全人照顧，樂活晚年

2010年6月
林瑞祥教授接任第六任院長。

2010年12月
衛生署許可設立醫療財團法人。

 

2010年
設立糖尿病中心。

 

2011年4月
臺東地方法院核准登記為醫療財團法人。

2012年

設立芳香照護推廣中心

2013年

設立乳腺健康中心

2014年

設立長期照護輔具中心

 

2014年

設立聖母樂齡健康活力中心

2014年12月16日

陳良娟接任第七任院長

2016年12月25日

部落小家屋祝聖

2017年04月28日

泰源保健室祝聖

2018年04月04日

新增中醫科門診

2018年04月28日

聖母健康農莊新園開幕暨高齡服務中心啟

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